Durante sus primeros dos años, hasta su reconocimiento legal para operar, CIAM estuvo bajo la protección legal de la Fundación para el Desarrollo de la Libertad Ciudadana, Capítulo de Panamá de Transparencia Internacional. En el año 2009, CIAM recibió su propia personería jurídica.
Sus fundadores fueron Brooke Alfaro, Elena Guardia de Lombardo, Rodrigo Noriega, Magaly Castillo y Rita Spadafora. Su estructura legal fue concebida por la abogada Jessica Young.
Sus primeros directores ejecutivos fueron: Raisa Bainfield (2007-2009), Félix Wing (2009-2012) y Sonia Montenegro (2013-2021). Lina Vega fue la primera Directora de Asuntos Legales e informativos.
CIAM no recibe fondos de gobiernos ni de empresas privadas. Las operaciones de la organización a lo largo de su historia han sido posibles gracias a la International Community Foundation (ICF).
Un complemento importante han sido los fondos de proyectos especiales para el desarrollo organizacional, la conservación de aves playeras y la protección de ecosistemas marino-costeros de la Fundación David & Lucille Packard.
Otros aportes para proyectos especiales sobre humedales, corales y pesca han provenido de AIDA, E-LAW, Isla Secas Foundation y FIMA Chile.